Следствием было установлено, что в сентябре 2000 года Пукач и несколько его подчиненных похитили журналиста неподалеку от его дома в Киеве и увезли в лес. В ноябре того же года был обнаружен обезглавленный труп, который по выводам экспертов мог принадлежать Георгию Гонгадзе. В 2009 году были найдены останки черепа, которые, по заявлению Генпрокуратуры, принадлежат пропавшему журналисту. В ходе рассмотрения дела Пукач признал, что собственноручно совершил убийство журналиста.

Кроме того, в июле 2003 года Пукач, злоупотребив своими служебными полномочиями, далуказание подчиненным работникам милиции уничтожить официальные документы о незаконном внешнем наблюдении за Гонгадзе.

«Суд приходит к выводу о необходимости назначить Пукачу наказание в виде пожизненного лишения свободы», - говорится в приговоре Печерского районного суда Киева.