Лечащего врача Сергея Магнитского Ларису Литвинову подозревают в причинении смерти по неосторожности вследствие ненадлежащего исполнения своих профессиональных обязанностей (часть 2 статьи 109 УК РФ). Бывшего замначальника следственного изолятора и непосредственного начальника Литвиновой Дмитрия Кратова подозревают в халатности, повлекшей по неосторожности смерть человека (часть 2 статьи 293 УК РФ). Фамилии обоих фигурантов по делу упоминались в отчете по делу Магнитского, недавно поданном Дмитрию Медведеву Президентским советом по правам человека. Согласно сообщению СК, к уголовной ответственности при наличии оснований могут быть привлечены и другие должностные лица.

По официальной версии Сергей Магнитский скончался из-за сердечно-сосудистой недостаточности. Однако адвокат и родственники Магнитского утверждали, что он умер от панкреонекроза, не получив вовремя медицинскую помощь от бутырских врачей. Кроме того, в заключении Президентского совета по правам человека упоминается и другая возможная причина смерти юриста — избиение.